超聲波清洗機殺菌是通過傳聲介質的相互作用產生巨大的能量，在很短的時間內殺死微生物。
一般認為，超聲波清洗機的殺菌效力主要來自于細胞內部的空化作用。
其殺菌效果受到多種因素的影響，包括超聲波的頻率、強度和照射時間，微生物的種類和數量以及媒質的性質等。
超聲波清洗機電源及電熱器電源必須有良好接地裝置。
超聲波清洗機嚴禁無清洗液開機，即清洗缸沒有加一定數量的清洗液，不得合超聲波開關。有加熱設備的清洗設備嚴禁無液時打開加熱開關。
禁止用重物(鐵件)撞擊清洗缸缸底，以免能量轉換器晶片受損。
超聲波發生器電源應單獨使用一路220V/50Hz電源并配裝2000W以上穩壓器。
清洗缸缸底要定期沖洗，不得有過多的雜物或污垢。每次換新液時，待超聲波起動后，方可洗件。
超聲波清洗槽的溫度應該為30~50℃。
根據不同的清洗對象正確選擇清洗劑。
清洗劑一般分為水基(堿性)清洗劑、有機溶劑清洗劑和化學反應清洗劑。
通常使用最多的為水基清洗劑。根據被清洗物的污染程度和污垢性質，選用不同的清洗時間。
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